var wholeStr = "This is my string.";
//var re = /\bis\b/gi;
 var oldStr = "is"; 
 var re=new RegExp("\\b"+oldStr+"\\b","gi");
//var oldStr = "is";
//var re=new RegExp("/\b"+oldStr+"\b/","gi");
var wholeStr = wholeStr.replace(re, "is not");
alert(wholeStr)