var progress = new FileProgress(file, this.customSettings.upload_target);

问题1.
this.fileProgressID = "divFileProgress"; 中的this指的是什么？   
答：从你的例子里看，this指向FileProgress问题2：
这是一个函数。 下边好像是设置什么属性，不理解这种表达方式
FileProgress.prototype.setProgress = function (percentage) {
this.fileProgressElement.className = "progressContainer green";
this.fileProgressElement.childNodes[3].className = "progressBarInProgress";
this.fileProgressElement.childNodes[3].style.width = percentage + "%";
};
答：对FileProgress的原型写法，对其增加一个成员setProgress，相当于：
 function FileProgress(){
   this.setProgress=function(){}
}
只是写在原型中，可以节省资源，增加效率。越多的时候越明显。如果直接写在构造函数中的话，每构造一次这些成员也相对的生成。但写在原型链中，大家使用同一个问题3：
var progress = new FileProgress(file, this.customSettings.upload_target);
这是一个函数，直接调用就行，为什么还要 new
答：构造函数的用法，如果不new，内部的this失效，指向不明呃，大概就这么个意思吧PS：Lz最近很是勤快呀。