能不能通过窗口名字得到该窗口的引用？

想这样得到 b 是不可能的, 不过你可以用另外一种变通的方法:
即用相同的 window.name 打开(window.open) 的窗口有一种特性, 已经有 window.name=xxx 的窗口存在不开新窗口, 只在这个窗口里打开链接, 没有这个窗口时开一个新的. 所以你用不着知道这个窗口的引用是什么, 你在A里 window.open 就可以了.
A:
var newB = window.open(url, "windowName"); //windowName要绝对一样(包括大小写)
newB.frames['name'].location.reload();