alert影响JS程序的运行？

alert一般作为调试JS用的，可是有的时候它也会影响到JS程序的运行，比如我加了alert()程序就正常运行，而去掉就不正常！
请问谁遇到过这样的问题，解释一下这是什么原因，alert除了提示框还有其他功能？
代码我就不贴了，涉及到很多业务的内容，也很复杂，不太容易看懂！
还是贴出来吧，万一谁能看懂也说不准，呵呵！
在最内层FOR循环的任意位置加一句alert();程序就正常，否则中间一层的循环好像只执行一次！
function setup(j_km1_0,d_km1_0,j_km1_1,d_km1_1,j_km1_2,d_km1_2,j_km1_3,d_km1_3,j_km2_0,d_km2_0,j_km2_1,d_km2_1,j_km2_2,d_km2_2,j_km2_3,d_km2_3,j_km3_0,d_km3_0,j_km3_1,d_km3_1,j_km3_2,d_km3_2,j_km3_3,d_km3_3,j_km4_0,d_km4_0,j_km4_1,d_km4_1,j_km4_2,d_km4_2,j_km4_3,d_km4_3){

// 循环凭证中的每一项,i表示第几项
var j_km;
var j_km_id;
var j_sid;
var j_did;

for(var i=0;i<item_num;i++){
// 循环凭证项中的4个借方科目
for(var k=1;k<4;k++){
alert(k);
// 借方科目的select
j_km=document.getElementById("j_km"+k+"_id"+i);
// 借方科目id(取传进来的参数)
j_km_id=eval("j_km" + k + "_" + i);
// 借方下级科目的select.id
j_sid="j_km" + (k+1) + "_id" + i;
// 借方下级科目的div.id
j_did="select" + i + "j" + k;
// 寻找借方一级科目在select中的位置
for(var a=0;a<j_km.options.length;a++){
if(j_km_id==j_km.options[a].value){
j_km.options[a].selected = true;
selectkm(j_sid,j_did,j_km.value,'/caiwupingzheng/show/xml/kemu',k+1);
a=1000;
}
}

} }
}