myeclipse 新文件　位置的问题

我把myeclipse新建工程的默认目录设为：C:\Program Files\Apache Software Foundation\Tomcat 5.5\webapps\ROOT
我新建一个　名为：test1的工程　又新建一个t1.jsp　现在情况是webapps\ROOT\有一个test1的文件夹　　　而目录webapps\下也有一个test1的文件呢　怎么建一个test1会出两个文件夹，这两个文件有什么关系呢？　