Java切换Linux用户

各位大侠！
      我开发了一个简单的Web应用界面，然后在Linux服务器上用Tomcat发布，在客户端访问该应用。在应用中我编写了代码去调用Linux命令，以查看Linux默认分配给Web应用的权限，结果显示是root。如何将该Linux服务器赋给Web应用的默认权限修改为普通用户的权限，我现在必须解决这个问题，因为客户端只有以普通用户的身份才能执行后续操作。
     我在Jsp中编写的代码为：
     <%
  Process process = null;
  process = Runtime.getRuntime().exec("whoami");
  out.println(jc.setFilename(process)); //该代码是用来调用有关方法并打印用户，在JSP页面上显示为root
   %>
    我曾想到编写shell脚本，让java去调用，代码如下：
     Runtime.getRuntime().exec("/hpc/home/test/shelltest.sh");
    shelltest.sh为脚本名，该shell脚本中的代码为：
     #!/bin/sh
     su - test
     qsub hpc/home/test/test.sh  //该命令是提交一作业脚本，必须以普通用户的身份提交
     我的目的是开发Web界面，点击按钮来提交作业，但web应用中默认的权限是root,于是想到采用调用脚本的方式。但是在实际调用时，只执行了切换用户的命令su - test ,之后的任何命令包括提交作业命令均不再执行。该方法也失败了！
     不知道您是否理解我现在的问题，希望您在百忙之中给予回复，不胜感激！