两个项目目录下的区别是什么？

不同的开发工具新建的项目，项目目录不一样这很正常啊。不同的工具有自己不同的编译规则(神马资源编译后放在神马位置)；
第一种目录结构看起来像是STS(Spring Tool Suite)这种开发工具创建的web项目，该工具直接集成了spring相关的开发组件，支持通过maven管理jar包。