个人觉得保证数据库的完整性太难了

我现在为学校做一个网站，主要是管理学校的设备。
    我们学校分为三级部门。比如：一级部门有教务处、德育处、办公室等；在教务处下面的二级部门有图书馆、实验室等；在实验室下面有物理实验室、生物实验室、化学实验室等。
    这个程序在做添加操作的时候，非常容易实现，但是当我做修改、删除操作的时候，却发现原来每个数据之间都有着联系。比如：修改一级部门的信息，我们要求必须要保留以前的历史信息，那么我就必须要进行大量的数据修改。
    我现在矛盾的是，是我设计数据库的时候思路有问题，还是我就应当这样进行设计呢？
    狂晕，强烈郁闷中哦！