【求助】Apache和MySQL异常高流量，导致网站无法访问

前几天某个晚上23:30左右，突然出现网站无法打开的问题，详述情况如下，目前我不知道是遇到什么攻击，也不知道从何下手排查问题以及做防范措施？请有经验的朋友帮忙指点，非常感谢！我有两台FreeBSD服务器，
Server 1：Apache
Server 2：MySQL1，两台都有独立IP；
2，两台互连成一个LAN方式，Server 2只允许Server 1发起的数据库访问；
出现的问题：
1，输入网站域名后，速度非常慢，完全打不开一样，进度条一直缓慢前进，但页面一直空白；
2，有时IE的标题栏可以出现字，但是页面还是空白；
3，一直保持这种状态，不会显示无法连接之类的情况；
4，重启两台服务器后，状况还是一样；
5，MRTG记录当时的情况有很高的traffic，超过30Mb/s了！！！！截图如下：http://i3.6.cn/cvbnm/96/94/8f/b369a6e5e3465bce83fe2bce50a636a6.gif
(蓝线以上，是Server 1的情况，以下是Server2的情况)
6，没办法只有停掉Apache服务，也就是MRTG截图上traffic消失的一段，大概0:30~9:00；第二天开启服务，一切恢复正常。
其他情况：
1，能ping到服务器，且time值不高，也没怎么掉包；
2，从服务器上ping外部网站，并不觉得过慢；
3，SSH能连接上，从返回登入验证框的速度上看，并不觉得太慢，但登入后vi某些log文件，就产生断线；
4，当时TOP看服务器状况，没有高CPU和RAM占用的情况，从MRTG图上看也如此；
5，服务器上主要运行php程序，平时没有这种情况发生，服务器未提供视频或下载服务；
6，当晚的数据库备份包，体积较前日没有明显增加；
7，当天的Mysql日志文件，体积有所增加，因为其内未记录时间，所以也无法查起；我觉得MRTG图是比较重要的一个物证，希望有兄弟指点迷津，是遇到攻击了？我应该从哪里下手查？有什么可以操作，已防范再次出现这种情况？
谢谢！！！！！！！！！

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1. 测试一个到 Server 1 的页面，这个PHP页面中不包括访问MYSQL的任何语句。这样以断定 Server 1 的性能如何。
2。如果测试1没有问题，则写一个简单的PHP页面，仅访问一个表，随便取几条记录，最好新建一个表，2个字段，5条件记录即可。以断定MYSQL服务器与APACHE服务器之间的通讯。和MYSQL本身的性能。
3. 如果都没问题，则要仔细分析你的SQL语句了。
谢谢ACMAIN_CHM！我明白你的意思是检查是否是程序编写的问题。服务器上程序很多，也不知道从何查起这个：（不过，当时情况是这样的：1，当时我有打开一个纯HTML，用于redirect的页面，似乎很快就可以redirect走；但是redirect到程序页面就卡住了；
2，当时的速度仅能够支持勉强连接SSH，没办法做简单PHP页面的测试；
3，SQL语句在平时都没发生过异常的情况，且当时MySQL服务器表现得没有过高消耗服务器资源；
4，比较明显的就是server1和2之间有很高的traffic，以及各自对WAN有很高traffic：（
1，当时我有打开一个纯HTML，用于redirect的页面，似乎很快就可以redirect走；但是redirect到程序页面就卡住了；
至少说明，打开静态页面没有问题。3，SQL语句在平时都没发生过异常的情况，且当时MySQL服务器表现得没有过高消耗服务器资源；
至少MYSQL服务没死机。4，比较明显的就是server1和2之间有很高的traffic，以及各自对WAN有很高traffic：（
是不中APACH请求了一个比较大的记录集，比如 select * from table 结果返回上万记录。
4，我的服务器host的站点都是小站点，记录数不多的，也有上万行row的table，但是服务器运行几年，从来没有遇到这样的情况。我的疑虑是，为何MRTG上显示进出的traffic能上40Mb/s，而且持续时间还比较长。
有没有可能不同搜索引擎的spider同时来爬站点？但是应该不会吧，要爬以前也爬过，没有出现这样的情况，况且，真出现这种情况，有几个服务器能承受得住？
你说的这种情况也有可能。
总之是找出怀疑，然后一个一个排除。这个你可以看看APACH的日志中有没有大量的访问。一般网站是限制同一客户IP提交查询的时间间隔，比如10s后才允许访问另一个页面。
你从图上看，有没有可能是受到攻击? 比如DDOS之类的？
先谢谢acmain，我再整理一些当时的MRTG的数据，有些疑问的地方，稍后发上来：）