myisam btree 索引的弊端？

数据表结构如下,而且数据量非常大：create table tbl(rid int, id int, rep int)
建立了两个索引：create index indx_rid_id on tbl(rid, id);
create index indx_rid_rep on tbl(rid, rep);
两个索引同时在的时候，查询速度非常慢，删除了其中的一个，则速度要快很多，
这种现象让我不禁的想知道这样两个索引的层次结构到底是如何建立的？
这样的层次结构会导致查询速度变慢吗？innodb的索引结构会好些吗？