MySQL两个实例如何同时运行，而不冲突？

有一个应用程序，用了MySQL数据库；（安装该应用程序时自动将MySQL也安装好了，只是缺少一些MySQL管理工具）由于本人之前没有管理MySQL的经验，为了学习，自己去下载了一个来安装；(安装是有意将该新安装的实例名改了，为MySQLme)
结果是，新安装的MySQL数据库运行正常了，而原先由应用程序安装的MySQL数据库实例（实例名为MySQL）却无法启动了...请问：如何重新配置，能够让这两个MySQL数据库实例均能正常运行呢？