我应该怎么来设计这个表?

应该用set好些。
如果用一个够长的字符串存储，占用的空间会很大，数据量大了查询的确占用很多资源。
对于你的问题你可以分别用模拟数据测试一下，你可以测试以下看看执行时间以及占用资源情况。然后综合考虑。