怎样在PHP文件里修改PHP配置？

我给学校做了一个网站，要用到在线阅读PDF文件，这样我就要自动转换格式成swf了，要调用到一个pdf2swf.exe的文件，但是通过phpinfo看到，学校的服务器安全模式是关闭的，不过禁止执行exec(),system()这些函数，我听说通过ini_set()函数可以修改php配置，那么我应该怎么修改呢，修改那一个变量呢？