怎样改进MySQL的嵌套查询？

有两张表A和B，记录数都很大
现在要先从A中选出符合条件的id
然后再根据这个id筛选B中的记录
一开始用嵌套查询的方法，也就是WHERE id IN (SELECT...)
但是这样查询时间达到了1秒多，效率太低
我是在php下面开发的，所以有没有什么方法能先经过php脚本的处理再筛选
谢谢了！