串口高速通信问题

串口波特率921600,发送和接收都是用Timer控制的,都是50ms一次,每次接收1000字节
在接收数据时如果有其它操作太多(切换窗口等)就会出现数据错位,第一次读的数据多于1000个,多出来的部分本应是第二组数据的开头,成了第一组数据的结尾,导致以后每组数据都产生错位
有这方面经验的还请多多帮忙