如何修改注册表才不会被系统自动恢复？有碰到过类似问题者进来

做项目的时候经常为确定哪一个是最后版本操心，尤其是拷过来拷过去，可能在不同的场合修改了最后版本。如何保证始终在最后版本做修改，是个麻烦！所以特意做了一个小软件，用来自动以当前时间来命名，通过查看文件后面加的时间，就知道哪个是最后的版本了！
软件下载：
http://www.cfxy.net/vc/timename.exe
源代码在这里：
http://www.cfxy.net/viewFile.asp?Boardid=46&ID=566
不过碰到一个问题，我这个小东西是通过修改注册表，添加一个菜单项在鼠标右键上，可是每次重新启动系统，注册表都会被系统恢复（我的是windows2003系统，windows xp打了sp2之后也是一样）
    我怀疑微软在新的系统上，都默认恢复HKEY_CLASSES_ROOT下的新添加键，大概是为了安全吧，很多木马和病毒都修改那里的文件关联。但是为什么winrar软件可以在那里新加键而不被自动恢复呢？默认微软认证了它？还是另有诀窍？
如果真的是如此，我们以后要添加一个自定义的文件格式怎么办？
      我目前只能采取每次自动运行软件，重新添加那些键了，HKEY_LOCAL_MACHINE,"SOFTWARE\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Run下的键，并不会被自动恢复，不过这种方法实在不太好！    不知道还有谁碰到类似问题，如何解决的？