请教了

请教了
小弟常听人说用java的程序能在任何操作系统上运行(包括linux等),net的程序(如用c#或vb.net写的)只能在windows操作系统上运行,我想请问大侠:
1.人们所说的在操作系统上运行是指的程序的工程文件.exe还是指程序的代码(比如c#代码在linux上不起作用,只能在windows上才起作用)或指的其他的什么东西啊?