c语言查找连续相同的字符？
各位牛人：
小弟有个问题想向你们请教，能否帮忙解决一下？
是这样的有3个有20种氨基酸组成的蛋白质序列：
>序列名称1
MGMGMGRFGGMLVVLVVLVV……序列非常长
>序列名称2
NNNNNNNNNNNNNNGGGGGMMRFRFRFGLGLGLGLLGLLGLLLLG……序列非常长
>序列名称3
IFSGIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGGGGGFFFFMMMMMGGGGMMGMGMG……序列非常长我们能很容易的看到序列内部有许多重复序列，MGRMGRMGR,LVVLVVLVV
我要问的问题是：如何在多个任意的规模的蛋白质序列序列内部识别这些重复， 并且以最大匹配的方式识别这些重复，例如重复LLLLLLLA LLLLLLLA LLLLLLLA, 应该被看出是由3个LLLLLLLA构成的重复，而并 不被看成是LLLLLLL重复,要求最后能报道每个序列的长度，氨基酸重复的的数量，每个氨基酸重复的次数，在序列中的位置，每个 氨基酸重复的长度。
告它们在序列中的位置。
各位牛人：
小弟有个问题想向你们请教，能否帮忙解决一下？
是这样的有3个有20种氨基酸组成的蛋白质序列：
>序列名称1
MGMGMGRFGGMLVVLVVLVV……序列非常长
>序列名称2
NNNNNNNNNNNNNNGGGGGMMRFRFRFGLGLGLGLLGLLGLLLLG……序列非常长
>序列名称3
IFSGIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGGGGGGGFFFFMMMMMGGGGMMGMGMG……序列非常长我们能很容易的看到序列内部有许多重复序列，MGRMGRMGR,LVVLVVLVV
我要问的问题是：如何在多个任意的规模的蛋白质序列序列内部识别这些重复， 并且以最大匹配的方式识别这些重复，例如重复LLLLLLLA LLLLLLLA LLLLLLLA, 应该被看出是由3个LLLLLLLA构成的重复，而并 不被看成是LLLLLLL重复,要求最后能报道每个序列的长度，氨基酸重复的的数量，每个氨基酸重复的次数，在序列中的位置，每个 氨基酸重复的长度。
告它们在序列中的位置。
用两个指针，p1和p2
开始的时候，都指向start的位置。
p2不断往后移动，当 *p2 == *p1的时候停止。
那么Len = p2 - p1
那么比较两个字符串 string_compare(p1, Len, p2, Len);
不相等说明连续的p1和p2不相等。相等的话，保存状态，继续p2++;
来找更长的“相等”
你搞反了吧
很明显，这个匹配要从最长的开始。所以应该是从len/2长度的字串开始匹配。
看他的问题描述