这样的程序该怎么做？

其实完全代替是不可能的。因为有的特殊键只能在本地用。比如ctrl+alt+del.
我的思路是这样。在目标机器做一个服务程序，通过Socket获取远程主机的键盘命令。这个服务程序获得本地目标程序的句柄后，向本地的特定应用程序发送键盘消息。如果你需要控制系统键，就需要编写钩子函数来接获系统的键盘功能了。这会比较复杂。你要实现RemoteAnywhere那种功能吗？