java_home为什么会影响正常JDK的使用

Question

长时间使用eclipse,突然想用记事本编写小程序，可是出现了Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError:错误，不明白是为什么，自己找来找去发现是JAVA_HOME配置的问题，删除这个配置后，程序运行正常了，很多的服务器的启动脚本内都是使用JAVA_HOME来获取系统的JDK路径，可是这个和JDK的一般使用有什么关系呀，实在不明白，希望高人指点