如何比较C#的两个类库文件是否相同?

公司有个比较的大的项目，是用c#做的，大约有50个类库(.dll)，我们做了一个自动更新的软件，每次更新的时候，由于不知道这次改动了那个类库，为了怕出错，我都是要把所有的dll都更新一遍，这样客户端下载的时候比较麻烦，所以我想有没办法可以比较出那个dll有更新就下载那个dll,我就想到了用md5比较两个dll是否相同，但我发现，就同一个项目，即使不改动任何代码，两次编译出来的dll的md5都不相同,但实际上这个dll中的代码完全相同，这样就没办法区分出来哪个dll改动过了，请问有没有什么好的办法来判断两次编译之后的dll是否真的有改动代码?谢谢！我的用的是vs 2008。