重装系统后，系统目录下的文件及注册表中的系统部分是否会被安装程序用新的内容覆盖掉？

我是用在对软件进行保护的。即限定软件试用期，让用户注册。现在用得很多的一种方法是在第一次安装时在注册表中或系统目录下找一个不易找的地方（如注册表中的HKEY＿LOCAL＿MACHINE\SOFTWARE\MICROSOFT\WINDOWS\）写下一些注册信息，并加密。
我的问题是用户重装系统后会不会把注册表中与系统有关的部分重写？若是这样我就达不到效果了。我以前没注意这个问题，现在又不想把自已的系统重装来试验，只好请教各位高手了。