关于放火墙的过滤问题

有个问题小弟一直不太明白，当一台计算机安装了防火墙软件后，再运行木马程序时，会立刻被发现，是不是因为这个程序开启了一个端口？如果是这样的话，开启的端口号是TCP/IP协议的端口号，放火墙是否还能发现？在上网的时候，远程服务器发来的包可以通过防火墙，而局域网中一台的远程控制机器给受控机发包的时候为什么会被截住？如何让该包通过放火墙？小弟正开发一用于远程控制的软件用于教学演示（并不是真正的远程，不过是在同一间教室内），不过我还是学生，功底有限，想通过木马的方式实现。可主控机发出的包均被受控机的防火墙拦截，无奈之余向各位高手求救，看如何使数据包穿过防火墙？如果哪位大侠有除木马之外更好的方案请不吝赐教，谢谢！